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Credit hour 3
Total number of hours 30
Number of hours for lectures 15
Number of hours for tutorials 15

Prerequisites

Bases en g¨¦n¨¦tique

Goals

L¡¯objectif de ce cours est de d¨¦couvrir les m¨¦canismes influen?ant l¡¯organisation du g¨¦nome. En effet, la structure du g¨¦nome n¡¯est pas fig¨¦e mais ? dynamique ?. Elle s¡¯est peu ¨¤ peu organis¨¦e/structur¨¦e au cours de l¡¯¨¦volution des esp¨¨ces. Les m¨¦canismes participant ¨¤ la stabilit¨¦ mais aussi son instabilit¨¦ seront abord¨¦s avec une attention particuli¨¨re pour : ? la r¨¦paration des dommages de l¡¯ADN et notamment des cassures double-brin. Les dommages de l¡¯ADN peuvent ¨ºtre ¨¤ la fois source d¡¯instabilit¨¦ g¨¦n¨¦tique ¨¤ l¡¯origine du vieillissement, de nombreux cancers et autres d¨¦sordres g¨¦n¨¦tiques, mais ¨¦galement source de diversit¨¦ g¨¦n¨¦tique comme lors de la m¨¦iose. ? l¡¯influence des ¨¦l¨¦ments g¨¦n¨¦tiques mobiles (les ¨¦l¨¦ments transposables) sur les r¨¦arrangements des g¨¦nomes au cours de la vie d¡¯un organisme ou ¨¤ une ¨¦chelle ¨¦volutive plus longue lors de l¡¯¨¦mergence des esp¨¨ces. L¡¯objectif de ce cours est d¡¯illustrer ces m¨¦canismes tout en d¨¦couvrant de nouvelles m¨¦thodes d¡¯analyses et les diff¨¦rents mod¨¨les g¨¦n¨¦tiques qui ont contribu¨¦s ¨¤ ces d¨¦couvertes notamment via l¡¯analyse d¡¯articles de recherche avec des sp¨¦cialistes du domaine.

Content

COURS MAGISTRAUX (15 H)
La structure des g¨¦nomes est complexe et s¡¯est fa?onn¨¦e au cours de l¡¯¨¦volution des esp¨¨ces. L¡¯objectif de ce cours est d¡¯illustrer certains des m¨¦canismes influen?ant fortement l¡¯organisation du g¨¦nome eucaryote. Les exemples trait¨¦s en cours feront appel ¨¤ diff¨¦rents organismes mod¨¨les eucaryotes (champignons, v¨¦g¨¦taux ou animaux). Le cours d¨¦crira :

? les m¨¦canismes de r¨¦paration des dommages de l¡¯ADN avec une attention particuli¨¨re pour la r¨¦paration des cassures double-brin (CDB). Les CDB de l¡¯ADN sont des l¨¦sions extr¨ºmement toxiques qui peuvent ¨ºtre produites accidentellement (stress environnementaux, r¨¦plication) ou physiologiquement programm¨¦es par la cellule (m¨¦iose, recombinaison V(D)J). Les m¨¦canismes de r¨¦paration des CDB sont donc finement r¨¦gul¨¦s pour permettre ¨¤ la fois de maintenir la stabilit¨¦ des g¨¦nomes tout en g¨¦n¨¦rant de la diversit¨¦ g¨¦n¨¦tique. Les applications en biologie mol¨¦culaire et en m¨¦decine seront ¨¦galement abord¨¦es.

? les ¨¦l¨¦ments transposables en retra?ant l¡¯historique de leur d¨¦couverte, leur classification, leur m¨¦canisme de transposition et leur r¨¦gulation/d¨¦r¨¦gulation. Les ¨¦l¨¦ments transposables ont tr¨¨s largement contribu¨¦ aux r¨¦arrangements des g¨¦nomes eucaryotes. Ils seraient ¨¤ l¡¯origine des r¨¦trovirus et de certaines maladies g¨¦n¨¦tiques notamment chez l¡¯homme. De leur ¨¦tude d¨¦coule de nombreuses d¨¦couvertes originales et l¡¯¨¦mergence d¡¯outils de biologie mol¨¦culaire appliqu¨¦s ¨¤ la transg¨¦n¨¨se ou la mutagen¨¨se.

TRAVAUX DIRIGES (15 H)
Les TD seront organis¨¦s sous forme de pr¨¦sentation d¡¯articles scientifiques. Dans un premier temps, chaque bin?me d¡¯¨¦tudiant pr¨¦parera un article scientifique avec un enseignant ou un chercheur puis pr¨¦sentera et commentera avec le reste du groupe les r¨¦sultats d¨¦crits dans l¡¯article lors d¡¯une s¨¦ance de TD. L¡¯accent sera mis sur la qualit¨¦ des pr¨¦sentations et sur la compr¨¦hension de la d¨¦marche scientifique.
? l¡¯issue de la pr¨¦sentation de l¡¯article scientifique chaque bin?me d¡¯¨¦tudiant r¨¦digera un r¨¦sum¨¦ d'un maximum de 2 pages (times 11, interligne 1,5 ; r¨¦f¨¦rences comprises) en utilisant le gestionnaire de bibliographie de son choix (Zotero, Mendeley, ...). Une s¨¦ance sera d¨¦di¨¦e ¨¤ l¡¯analyse de ce travail.

Additional Information

L¡¯objectif de ce cours est de d¨¦couvrir les m¨¦canismes influen?ant l¡¯organisation du g¨¦nome. En effet, la structure du g¨¦nome n¡¯est pas fig¨¦e mais ? dynamique ?. Elle s¡¯est peu ¨¤ peu organis¨¦e/structur¨¦e au cours de l¡¯¨¦volution des esp¨¨ces. Les m¨¦canismes participant ¨¤ la stabilit¨¦ mais aussi son instabilit¨¦ seront abord¨¦s avec une attention particuli¨¨re pour : ? la r¨¦paration des dommages de l¡¯ADN et notamment des cassures double-brin. Les dommages de l¡¯ADN peuvent ¨ºtre ¨¤ la fois source d¡¯instabilit¨¦ g¨¦n¨¦tique ¨¤ l¡¯origine du vieillissement, de nombreux cancers et autres d¨¦sordres g¨¦n¨¦tiques, mais ¨¦galement source de diversit¨¦ g¨¦n¨¦tique comme lors de la m¨¦iose. ? l¡¯influence des ¨¦l¨¦ments g¨¦n¨¦tiques mobiles (les ¨¦l¨¦ments transposables) sur les r¨¦arrangements des g¨¦nomes au cours de la vie d¡¯un organisme ou ¨¤ une ¨¦chelle ¨¦volutive plus longue lors de l¡¯¨¦mergence des esp¨¨ces. L¡¯objectif de ce cours est d¡¯illustrer ces m¨¦canismes tout en d¨¦couvrant de nouvelles m¨¦thodes d¡¯analyses et les diff¨¦rents mod¨¨les g¨¦n¨¦tiques qui ont contribu¨¦s ¨¤ ces d¨¦couvertes notamment via l¡¯analyse d¡¯articles de recherche avec des sp¨¦cialistes du domaine.