L¡¯objectif de la F¨¦d¨¦ration est d¡¯associer l¡¯ensemble des forces vives de recherche travaillant sur les microorganismes, en lien avec leur biotope, leurs int¨¦r¨ºts en biotechnologie, en nutrition et dans le secteur de la sant¨¦. Le concept d¡¯holobionte qui d¨¦signe l¡¯unit¨¦ biologique compos¨¦e de l¡¯h?te (plantes, animaux, Homme) et des microorganismes qu¡¯il h¨¦berge est ¨¦galement int¨¦gr¨¦.

Les concepts et les technologies en lien avec la microbiologie ¨¦voluent sans cesse. C¡¯est un d¨¦fi majeur que de s¡¯adapter ¨¤ cette ¨¦volution, mais aussi de d¨¦passer les approches monosp¨¦cifiques et culturales pour int¨¦grer des concepts n¨¦cessitant d¡¯une part, une d¨¦marche interdisciplinaire et, d¡¯autre part, une mutualisation des comp¨¦tences et des outils innovants (m¨¦tag¨¦nomique, m¨¦tatranscriptomique, m¨¦taprot¨¦omique, m¨¦tabolomique, analyse des r¨¦seaux, mod¨¦lisation¡­). Cette conception permet l¡¯¨¦tude des interactions microbiennes omnipr¨¦sentes ¨¤ tous les niveaux d¡¯int¨¦gration du vivant : mol¨¦cules, g¨¨nes, g¨¦nomes, organites, cellules, populations, communaut¨¦s, microbiotes complexes en lien avec l¡¯organisme h?te ou, le biotope dans les domaines de la nutrition, de la sant¨¦ et de l¡¯environnement.

Les ¨¦quipes de recherche de la f¨¦d¨¦ration interagissent autour de 4 axes strat¨¦giques interconnect¨¦s : holobionte, pathobiome, ¨¦volution g¨¦nomique microbienne et biotransformation-bioproc¨¦d¨¦s (voir sch¨¦ma ci-dessous). La F¨¦d¨¦ration permettra ainsi de d¨¦velopper des recherches transversales et pluridisciplinaires via les collaborations des diff¨¦rentes ¨¦quipes engag¨¦es. Elle apportera une forte visibilit¨¦ nationale et internationale aux microbiologistes du p?le Auvergne. Elle interagira en partenariat avec les p?les de comp¨¦titivit¨¦ r¨¦gionaux et les op¨¦rateurs industriels.


 

Les acteurs de la f¨¦d¨¦ration

La F¨¦d¨¦ration des recherches ? Syst¨¨mes microbiens ? a pour tutelle principale l¡¯Universit¨¦ Clermont Auvergne (UCA) et pour tutelle secondaire l¡¯INRAE ; elle est ¨¦galement soutenue par l¡¯INSERM et le CNRS.

4 Unit¨¦s porteuses

8 Unit¨¦s associ¨¦es        

  • Institut Pascal (UMR CNRS SIGMA)
  • Institut de Chimie de CF (UCA CNRS)     
  • Neurodol (UMR INSERM 1107)
  • G¨¦n¨¦tique Diversit¨¦ Ecophysiologie des C¨¦r¨¦ales (UMR INRAE)     
  • ?pid¨¦miologie des maladies animales et zoonotiques (INRAE VetAgroSup)                                  
  • Herbivores  (INRAE VetAgroSup)
  • Ecosyst¨¨me Prairial (INRAE VetAgroSup)                                                                                    
  • Nutrition Humaine (UMR INRAE)

Certains th¨¨mes d¨¦velopp¨¦s sont compl¨¦mentaires de ceux soutenus par :

  • Le Centre R¨¦gional de Nutrition Humaine (CRNH, axe ? pathologies associ¨¦es au tractus gastrointestinal ?)
  • L¡¯axe de recherche Microbiologie r¨¦cemment cr¨¦¨¦ au sein du CHU de Clermont Fd (? Infection et inflammation : interaction h?te pathog¨¨ne ? (3iHP)
  • La F¨¦d¨¦ration des Recherches en Environnement.

Les partenaires industriels

Le fonctionnement : comit¨¦ de pilotage

La structure f¨¦d¨¦rative est dirig¨¦e par une responsable (Christiane Forestier, Pr UCA) et une responsable-adjointe (R¨¦gine Talon, DR INRAE), en interaction ¨¦troite avec les repr¨¦sentants de chacun des 4 axes, membres du groupe de travail ayant contribu¨¦ ¨¤ la construction du projet : Ludovic Bonhomme (GDEC), Gwendoline Christophe (IP), C¨¦line Delb¨¨s (UMRF), Julien Delmas (M2iSH), Laurence Hecquet (ICCF), Sabine Leroy (MEDIS) et Corinne Petit (LMGE).

Cette instance de pilotage est compl¨¦t¨¦e par :

  • Les directeurs de recherches des unit¨¦s porteuses : Micka?l Desvaux (MEDIS), Nicolas Barnich (M2iSH), Didier Debroas (LMGE), Christophe Chassard (UMRF)
  • Des repr¨¦sentants du monde ¨¦conomique et industriel : Anne C¨¦cile Fournier (Innovatherm), Am¨¦lie Gardarin (Vegepolys Valley)

Les 4 axes de recherches