? Avoir suivi l'UE ? Algorithmie et programmation ? (M1S1) ou avoir des bases d'algorithmie et savoir programmer en python.
Objectifs
? comprendre les concepts de théories des graphes
? maitriser l’utilisation d’un logiciel d’analyse de graphes
? restituer des résultats via un code commenté et reproductible avec R markdown
PT招财进宝
COURS MAGISTRAUX (18 H) ? Introduction aux graphes: définitions, exemples d'application, notions de base. ? Modélisations par des graphes, exemples en biologie et en bio-informatique, notions de distance et de dissimilarité. ? Représentation d'un graphe en machine. ? Notion d'algorithme et de complexité. ? Les arbres et les parcours d'arbres; applications aux phylogénies et aux codages/décodages d'arbres (format Newick), étude de la connexité d'un graphe. ? Décomposition d'un graphe suivant ses cliques séparatrices et applications à la modélisation et à la visualisation de données biologiques.
TRAVAUX DIRIG?S ( 4 H) ? Exercices d'application sur le cours
TRAVAUX PRATIQUES ( 6 H) ? création et manipulation de graphes sous R avec la librairie igraph (3hrs de TP) ? PROJET INDIVIDUEL (3h de suivi) : ? traitement de données pour créer un graphe (Python) ? analyse du graphe sous R avec la librairie igraph ? restituer les résultats sous la forme d’un rapport écrit en Rmarkdown ? expliquer ces résultats à l’oral
? comprendre les concepts de théories des graphes
? maitriser l’utilisation d’un logiciel d’analyse de graphes
? restituer des résultats via un code commenté et reproductible avec R markdown
