Etude de l¡¯invasion du microbiote intestinal par le microbiote oral en mod¨¨le in vitro
Dans ce travail publi¨¦ dans le journal Microbiology Spectrum, des scientifiques de l¡¯UMR MEDIS de l¡¯Universit¨¦ Clermont Auvergne en collaboration avec M¨¦tag¨¦nopolis ont r¨¦alis¨¦ une ¨¦tude pilote sur un nouveau mod¨¨le in vitro permettant d¡¯¨¦tudier le processus d¡¯invasion du microbiote intestinal par le microbiote oral.
Un nombre croissant d¡¯¨¦tudes ont rapport¨¦ la d¨¦tection importante de microorganismes oraux dans les ¨¦chantillons de selles d¡¯individus pr¨¦sentant une dysbiose du microbiote intestinal alors qu¡¯ils sont g¨¦n¨¦ralement en faible proportion chez les individus sains. Ces individus dysbiotiques pr¨¦sentent un d¨¦s¨¦quilibre de la composition et des fonctions de leurs microbiotes intestinaux associ¨¦ ¨¤ des maladies telles que la cirrhose h¨¦patique, le cancer colorectal ou encore de maladies inflammatoires chroniques de l¡¯intestin (MICI). Du fait de la difficult¨¦ d¡¯¨¦tudier in vivo les m¨¦canismes d¡¯invasion du microbiote oral sur le microbiote intestinal, il est n¨¦cessaire de d¨¦velopper des alternatives afin d¡¯explorer les m¨¦canismes d¡¯interactions entre microorganismes oraux et intestinaux, notamment avec la barri¨¨re mucosale intestinale. Parmi ces alternatives, les mod¨¨les in vitro sont de plus en plus utilis¨¦s car ils permettent une approche plus ¨¦thique de la recherche.
Le mod¨¨le in vitro de fermentation M-ARCOL mis au point par l¡¯UMR MEDIS (Universit¨¦ Clermont Auvergne / INRAe) a ¨¦t¨¦ utilis¨¦ et coupl¨¦ ¨¤ une analyse innovante des microbiotes ¨¤ haute r¨¦solution par m¨¦tag¨¦nomique quantitative shotgun d¨¦velopp¨¦ par M¨¦tagenopolis (INRAe). Ce mod¨¨le, reproduisant les principaux param¨¨tres physicochimiques et microbiens du colon humain et permettant de distinguer les microenvironnements coliques luminaux et mucosaux et leurs microbiotes associ¨¦s, a ¨¦t¨¦ mis en ?uvre pour ¨¦tudier la colonisation des micro-organismes oraux au sein des diff¨¦rentes niches ¨¦cologiques du c?lon humain.
Cette ¨¦tude a soulign¨¦ l¡¯importance de l¡¯int¨¦gration d¡¯un compartiment mucosal en mod¨¨les in vitro, qui retient une plus forte richesse microbienne au cours de la fermentation et plus proche de la composition initiale du microbiote intestinal des individus. Ce travail sugg¨¨re ¨¦galement une pr¨¦f¨¦rence des microorganismes oraux invasifs pour le compartiment mucosal et indique de potentielles comp¨¦titions pour cette ressource entre microorganismes intestinaux et oraux. A terme, cette ¨¦tude pilote permet d¡¯envisager une meilleure compr¨¦hension des m¨¦canismes d¡¯invasion intestinale par le microbiote oral, de d¨¦finir les interactions microorganismes-microorganismes et microorganismes-mucus de mani¨¨re segment¨¦e et mieux caract¨¦riser le potentiel d¡¯invasion des microorganismes oraux et leurs persistances dans le microbiote intestinal.
R¨¦f¨¦rence de la publication :
Coordonn¨¦es :
Lucie Etienne-Mesmin / St¨¦phanie Blanquet-Diot, Unit¨¦ MEDIS (Microbiologie Environnement Digestif et Sant¨¦), Universit¨¦ Clermont Auvergne, Clermont-Ferrand, France
e-mails : lucie.etienne-mesmin@uca.fr et stephanie.blanquet@uca.fr
Victoria Meslier / Mathieu Almeida, M¨¦tag¨¦nopolis, INRAE Jouy en Josas, France
e-mails : victoriameslier@gmail.com et mathieu.almeida@inrae.fr;