D¨¦couverte d¡¯une diversit¨¦ inattendue et d¡¯un r?le ¨¦cologique majeur de potentiels virus g¨¦ants incultiv¨¦s dans les ¨¦cosyst¨¨mes d'eau douce .

 

Les virus g¨¦ants, qu'est ce que c'est ? 

Les virus g¨¦ants sont des agents infectieux de micro eucaryotes unicellulaires dont les caract¨¦ristiques (taille, g¨¦nome, g¨¨nes v¨¦hicul¨¦s, strat¨¦gies r¨¦plicatives¡­) repoussent les limites du vivant.
 

Pourquoi ¨¦tudier ces virus ? 

Essentiels dans la compr¨¦hension de l¡¯¨¦volution du vivant, leurs impacts sur leurs h?tes (mortalit¨¦, modification g¨¦n¨¦tique¡­) leurs conf¨¨rent un r?le potentiel majeur dans les flux de mati¨¨re et d¡¯¨¦nergie, et m¨ºme dans la circulation des gazs affectant notre climat. Ainsi, notre compr¨¦hension de la diversit¨¦, du spectre d¡¯h?tes et du r?le fonctionnel des virus g¨¦ants s¡¯av¨¨re essentiel non seulement ¨¤ l¡¯¨¦chelle des ¨¦cosyst¨¨mes qui les h¨¦bergent mais aussi ¨¤ l¡¯¨¦chelle globale.

Comment les isoler pour les caract¨¦riser ? 

Cette compr¨¦hension repose en grande partie sur notre capacit¨¦ ¨¤ isoler ces virus g¨¦ants. Toutefois, la plupart de leurs h?tes - micro eucaryotes unicellulaires - sont pour l¡¯heure non cultivables. Ainsi, la grande majorit¨¦ des virus g¨¦ants d¨¦crits sont ceux capables de se d¨¦velopper en infectant des amibes cultiv¨¦es (les amibes ayant la capacit¨¦ de reproduire certains virus g¨¦ants sans qu¡¯elles soient leurs h?tes naturels) ou des algues (micro eucaryotes unicellulaires autotrophes). A ce jour, il n¡¯existe que 2 virus g¨¦ants isol¨¦s ¨¤ partir de leurs h?tes naturels micro eucaryotes unicellulaires h¨¦t¨¦rotrophes, lesquels repr¨¦sentent pourtant une grande partie de la diversit¨¦ des micro eucaryotes. De ce fait, nos connaissances des virus g¨¦ants demeurent tr¨¨s parcellaires et notre vision de leur diversit¨¦ morphologique r¨¦elle est largement limit¨¦e. Pour s¡¯affranchir du verrou inh¨¦rent ¨¤ la culture d¡¯h?tes, nous avons mis au point une strat¨¦gie couplant la cytom¨¦trie en flux ¨¤ la microscopie ¨¦lectronique en transmission nous donnant acc¨¨s ¨¤ la caract¨¦risation et au comptage de la majorit¨¦ des virus g¨¦ants potentiels.
 

Existe-t-il des virus g¨¦ants non d¨¦crits, quels r?les jouent-ils dans les lacs ? 

Gr?ce ¨¤ cette m¨¦thodologie, appliqu¨¦e ¨¤ l¡¯¨¦tude de la dynamique pluriannuelle des virus et de leurs communaut¨¦s d¡¯h?tes, dans 3 lacs du Massif Central, nous avons pu mettre en ¨¦vidence l¡¯existence de plusieurs nouvelles entit¨¦s, potentiellement des virus g¨¦ants, aux caract¨¦ristiques morphologiques surprenantes. La dynamique de cette diversit¨¦ inattendue de ces nouvelles entit¨¦s est intimement li¨¦e ¨¤ celle des communaut¨¦s micro eucaryotes unicellulaires. Nous mettons ainsi en ¨¦vidence un impact majeur de ces nouvelles entit¨¦s dans la r¨¦gulation des micro eucaryotes unicellulaires qu¡¯ils soient auto- ou h¨¦t¨¦rotrophes. Ces potentiels virus g¨¦ants seraient impliqu¨¦s dans le d¨¦clin de blooms d¡¯h?tes mais aussi dans la r¨¦gulation de la diversit¨¦ des micro eucaryotes impactant significativement les successions ¨¦cologiques.
 

Pourquoi cette d¨¦couverte est importante ?

Ces recherches mettent en ¨¦vidence, une diversit¨¦ inattendue de potentiels nouveaux virus g¨¦ants et le r?le pivot que ces virus jouent dans le fonctionnement des ¨¦cosyst¨¨mes aquatiques. Ces travaux ouvrent la voie ¨¤ l¡¯isolement de ces nouveaux mod¨¨les et ¨¤ leur caract¨¦risation g¨¦nomique afin de confirmer leur identit¨¦ et de rechercher leur strat¨¦gie r¨¦plicative et leur place sur l¡¯¨¦chelle ¨¦volutive.


 

Une recherche men¨¦e par l¡¯¨¦quipe Bioadapt du LMGE, publi¨¦e dans la revue scientifique ISME Communications,
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